Projektordner () in AquaInfoCS haben die gleiche Bedeutung wie in AquaInfo Desktop. Sie dienen der thematischen Gliederung für Objekte. Anders als in AquaInfo Desktop ist die Anzahl der Projektordnerebenen jedoch nicht auf eine Ebene beschränkt. Bis zu acht Ebenen sind möglich.



Projektordner können im persönlichen Benutzerordner immer angelegt werden. Im Gruppenordner ist  für das Anlegen und Löschen von Projektordnern die Datenbankrolle AISDB_GRPOBJ_ADMIN erforderlich.